科技实力特别是原始创新能力已成为国际竞争的焦点之一，作为科技创新平台的国家级、省级重点实验室、工程（技术）研究中心肩负着重要的历史使命，已成为国家科技创新体系的重要组成部分。东南大学历来以“科技兴国”为己任，把建设一流的科學研究基础设施作为服务国家创新体系建设的重点。
| 國家重點實驗室： | |
 毫米波國家重點實驗室 | 移動通信國家重點實驗室 |
| 生物電子學國家重點實驗室 | |
| 國家工程（技術）研究中心： | |
| 火電機組振動國家工程研究中心 | 玄武岩纖維生産及應用技術國家地方聯合工程研究中心 |
| 光傳感通信綜合網絡國家地方聯合工程研究中心 | 國家專用集成電路系統工程技術研究中心 |
| 國家預應力工程技術研究中心 | |
| 國家專業實驗室： | |
| 計算機輔助建築設計（CAAD）國家專業實驗室 | |
| 教育部重點實驗室： | |
| 計算機網絡和信息集成教育部重點實驗室 | 混凝土及預應力混凝土結構教育部重點實驗室 |
| 微電子機械系統教育部重點實驗室 | 發育與疾病相關基因教育部重點實驗室（部省共建） |
| 兒童發展與學習科學教育部重點實驗室 | 複雜工程系統測量與控制教育部重點實驗室 |
| 城市與建築遺産保護教育部重點實驗室 | 環境醫學工程教育部重點實驗室 |
| 能源熱轉換及其過程測控教育部重點實驗室 | 水聲XXX教育部重點實驗室 |
| 微慣性儀表XXX教育部重點實驗室 | |
| 教育部工程研究中心： | |
| 智能交通運輸系統教育部工程研究中心 | 新型光源技術及裝備教育部工程研究中心 |
| 射頻集成電路與系統教育部工程研究中心 | 伺服控制技術教育部工程研究中心 |
| 低碳型建築環境設備與系統教育部工程研究中心 | |
| 其他部委實驗室： | |
| 國土資源部土地實地調查監測技術重點實驗室 | |
江蘇省級重點高端智庫：
江蘇省重點實驗室： | |
| 江蘇省網絡與信息安全高技術研究重點實驗室 | 江蘇省生物材料與器件重點實驗室 |
| 江蘇省土木工程材料高技術研究重點實驗室 | 江蘇省先進金屬材料高技術研究重點實驗室 |
| 江蘇省微納生物醫療器械設計與制造重點實驗室 | 江蘇省生物藥物高技術研究重點實驗室 |
| 江蘇省智能電網技術與裝備重點實驗室 | 江蘇省交通規劃與管理重點實驗室 |
| 江蘇省計算機網絡技術重點實驗室 | 江蘇省分子影象與功能影象重點實驗室 |
| 江蘇省遠程測控技術重點實驗室 | 江蘇省傳感網技術重點實驗室 |
| 江蘇省工程力學分析重點實驗室 | 江蘇省網絡群體智能重點實驗室 |
| 江蘇省工程（技術）研究中心： | |
| 江蘇省顯示技術工程研究中心 | 江蘇省數碼技術工程研究中心 |
| 江蘇省光通信器件與技術工程研究中心 | 江蘇省伺服工程研究中心 |
| 江蘇省射頻與光電集成電路工程研究中心 | 江蘇省光電功能材料工程實驗室 |
| 江蘇省信息顯示工程技術研究中心 | 江蘇省汙染控制及資源化工程技術研究中心 |
新型科研機構：
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| 分析測試中心 | 醫學影像與精確診治技術研究中心 |
| 先進材料研究中心 | 電子系統可靠性研究所/光子學與光通信研究所 |
| 電光源研究中心 | 集團經濟與産業組織研究中心 |
| 伽利略系統歐亞（中國）教育與應用開發中心 | 現代集成制造系統(CIMS)研究中心 |
| 先進光子學中心 | 旅遊與景觀研究所 |
| 東南大學太赫茲研究所 | |